Водоёмы в Германии находятся в критическом состоянии. Отчёт Федерации по охране окружающей среды и защите природы Германии (Bund für Umwelt und Naturschutz Deutschland) содержит предупреждение, прежде всего, о невидимых нагрузках, вызванных удобрениями и пестицидами. Особенно страдает Балтийское море, которое является внутренним морем. Это отражается на увеличении количества ядовитых сине-зелёных водорослей в летние месяцы. У людей они могут вызывать раздражение кожи.
В Балтийском море водный обмен сильно ограничен, из-за чего было зарегистрировано всё больше и больше „мёртвых зон“. Ими уже затронуты 15 процентов морского дна. Там водоросли опускаются на дно и разлагаются, при этом потребляется кислород и образуются токсичные соединения серы. Морские ежи или раковины на дне не имеют шансов выжить.
Согласно докладу, девять из десяти водоемов загрязнены. Кроме проблем, связанных с удобрениями и пестицидами, существуют и проблемы, связанные с выпрямлением рек, загрязняющими веществами в горной промышленности и микропластиком. Германия в значительной степени не выполняет стандарты качества воды для озёр, рек и подземных вод. Качество пригодности водоёмов для купания не рассматривалось.
